Di hari pertama sekolah menengah pertama, Mato Kuroi kebetulan bertemu dengan Yomi Takanashi, seorang gadis pemalu dan pendiam yang langsung dia minati. Mato mencoba yang terbaik untuk bercakap-cakap dengan Yomi, ingin berteman dengannya. Pada awalnya, dia dihindari, tetapi kebekuan pecah ketika Yomi kebetulan melihat burung biru dekoratif yang menempel di ponsel Mato, yang berasal dari buku “Li'l Birds At Play”. Menemukan bahwa mereka memiliki minat yang sama, keduanya membentuk persahabatan yang kuat.
Di alam semesta alternatif, gadis-gadis muda ada sebagai makhluk paralel, Mato sebagai Black★Rock Shooter, dan Yomi sebagai Dead Master. Entah bagaimana, apa yang terjadi di satu dunia tampaknya berpengaruh pada dunia lain, dan tidak menyadari fakta ini, gadis-gadis itu tanpa sadar terjerat oleh benang takdir.
