Mamoru Suzuhara adalah siswa sekolah menengah introvert yang menghabiskan waktu luangnya dengan membaca tentang perang modern. Setelah mengetahui bahwa kekasihnya, Aya Chiyono, dengan enggan pindah bersama keluarganya minggu depan, dia mengumpulkan cukup keberanian untuk memintanya melarikan diri bersamanya. Akibatnya, Mamoru, Aya, dan empat teman sekelas mereka berangkat dan berkemah di Pabrik Batu Bara Satomi yang terbengkalai. Setelah bersenang-senang selama hari pertama di sana, mereka sampai pada kesimpulan yang mengejutkan bahwa mereka mungkin tidak sendirian di pabrik.
Bokura no Nanokakan Sensou, berdasarkan novel dengan judul yang sama, adalah kisah dewasa tentang tindakan pemberontakan yang berkembang menjadi perang habis-habisan melawan orang dewasa. Sementara itu, anak-anak berjuang untuk mengungkapkan perasaan mereka dan melindungi apa yang mereka sayangi.