Pada tahun ke-11 Era Meiji, berakhirnya keshogunan samurai dan pelarangan pedang telah meninggalkan Jepang dengan bekas luka yang bertahan lama. Tidak senang dengan perubahan baru-baru ini, banyak mantan samurai berkomplot melawan pemerintah baru, memicu gelombang pertumpahan darah. Untuk melawan gerakan ini, pemerintah membangun penjara kolosal di tengah Danau Biwa.
Secara tidak resmi ditugaskan untuk membantu polisi menangkap penjahat, Tenka Kumou juga bertugas sebagai tukang perahu ke penjara Danau Biwa dengan bantuan dua adiknya: Soramaru yang ambisius dan Chuutarou yang antusias. Bersama dengan mantan ninja Fuma Shirasu Kinjou, Kumou bersaudara menjalani kehidupan yang hemat dan menyenangkan yang sebagian besar didedikasikan untuk belajar dan berlatih.
Namun, di balik rutinitas harian yang relatif lancar ini, momok “Orochi” muncul. kutukan mulai menyebar bayangannya di atas kota Oumi. Menurut legenda, setiap tiga ratus tahun, Orochi bereinkarnasi menjadi wadah manusia—dan diyakini bahwa ini adalah pertanda bencana yang akan segera terjadi. Saat berbagai kelompok bentrok untuk mencari kapal Orochi, beberapa bertujuan untuk menyegel kutukan, sementara yang lain memiliki rencana yang lebih gelap.
