Setelah lima tahun memendam perasaan yang tak terucapkan, siswa sekolah menengah Taiju Ooki akhirnya siap menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Tepat ketika Taiju memulai pengakuannya, cahaya hijau yang menyilaukan menyinari bumi dan membatu umat manusia di seluruh dunia—mengubah setiap manusia menjadi batu.
Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan mendapati dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang pesat di tahun-tahun ketika umat manusia masih terhenti. Di antara dunia patung batu, Taiju bertemu dengan manusia hidup lainnya: temannya yang mencintai sains, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan skema besar—untuk meluncurkan kebangkitan peradaban sepenuhnya dengan sains. Kekuatan Taiju dan otak Senkuu bersatu membentuk kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang membatu.
Namun, rencana induk Senkuu terancam ketika ideologinya ditantang oleh mereka yang bangkit. Sementara itu, alasan membatunya umat manusia masih belum diketahui.
